1999

2000

12 février : La RANAE est terminé, le navire retourne à quai.
28 février : Un nouveau problème technique survient : un incident se déclare à l'arrière du bâtiment.
30 juin : Le premier appontage de nuit est réalisé à bord.
3 juillet : Le 500e appontage est enregistré; en outre le porte-avions a accumulé 137 jours en mer et parcouru 35 000 NM.
11-25 juillet : Le navire croise avec un Groupe Aérien composé de deux Hawkeye de la 4.F et vingt quatre Super-Étendard des flottilles 11.F et 17.F. Quelques exercices et essais sont effectués par le groupe (20 en action/ attaquant ; 4-8 en alerte)..
4 octobre : Le porte-avions nucléaire Charles de Gaulle (R 91) quitte son port de construction (Brest) le samedi 30 septembre, et arrive durant l'après-midi dans son nouveau port-base : Toulon. Le classique quai Milhaud réservé aux porte-avions Français a été spécialement aménagé pour son arrivée (mise en place de grillages de sécurité, système de badges pour entrer dans l'antre du PAN, rénovation des quais...).
12 octobre : Le porte-avions revient à Toulon à cause d'un incident technique sur un condenseur du moteur.
24 octobre : Le porte-avions nucléaire appareille pour sa TLD (Traversée Longue Durée) depuis son port-base de Toulon avec la frégate Jean Bart et le pétrolier ravitailleur Meuse, qui va l'emmener partout autour du monde pendant 8 semaines. Au terme de celle-ci le navire-amiral de la flotte française sera enfin mis en service.......vingt ans après les premières études. Le groupe aérien est composé de huit Super-Étendard modernisés, deux Hawkeye, deux Dauphin Pedro et un Cougar de l'Armée de Terre.
28 octobre : Le millième appontage est enregistréà bord par le CC de Villars sur Super-Étendard.
10 novembre : L'hélice bâbord du bâtiment est endommagée (le PAN était ancré aux Antilles). Il revient à Toulon pour y être réparé pendant trois mois.
12 décembre : Le porte-avions entre en bassin en vue de l'installation des hélices du porte-avions Clemenceau puisque les jeux d'hélices de rechange ont également des défauts de fabrication.

2001

5 mars : Remise à flot du bâtiment.
26 mars : Appareillage pour les essais des nouvelles hélices issues du Clemenceau, où la vitesse de 25,2 nœuds est atteinte.
5 avril : Retour du Charles de Gaulle à Toulon.
24 avril : Visite de l'Amiral Shi Yunshen de la Marine Chinoise.
5 mai : Escale à Marseille.
18 mai : Admission au service actif prononcée par l'Amiral Delaunay (Chef d'Etat-Major de la Marine).
21 mai au 1er juin : Participation à l'exercice Trident d'Or. Un exercice binational franco-italien rassemblant 70 bâtiments ainsi que des forces aériennes et terrestres de pays membres de l'UE et de l'OTAN (Allemagne, Belgique, Danemark, Espagne, États-Unis, France, Grande-Bretagne, Grèce, Italie, Pays-Bas, Portugal, Turquie) se déroulera en Méditerranée, au large de la Sardaigne et de la Corse. Des forces non permanentes (Euromarfor et FNFA) et permanentes (Stanavformed) participeront à Trident d'Or ainsi que trois autres Task Groups formés autour du porte-avions Charles de Gaulle (France) et des portes-aéronefs Giuseppe Garibaldi (Italie) et Principe de Asturias (Espagne). Côté français, les bâtiments suivants participent à l'exercice : les avisos Cdt Ducuing, EV Jacoubet, le batral Francis Garnier, la frégate antiaérienne Jean Bart, la frégate de surveillance Aconit, les frégates ASM Tourville, Montcalm, la frégate lance-missiles Duquesne, le patrouilleur Grèbe, la pétrolier-ravitailleur Somme, le remorqueur-ravitailleur Carangue, les TCD Sirocco, Orage, le SNA Améthyste et enfin le PAN Charles de Gaulle.
21 mai : Appontage d'un Sea King Mk 41 appartenant à l'aéronautique navale allemande (Marineflieger).
23 mai : Appontage d'un Hawkeye de l'U.S.Navy sur le Charles de Gaulle en provenance du porte-avions USS Entreprise.
24 mai : Visite d'Alain Richard, Ministre de la Défense.
18-30 juin : Première escale à l'étranger à Naples en Italie.
1er août : Le CV Richard Laborde succède au CV Édouard Guillaud à la tête du navire.
9 octobre : Parrainage du bâtiment par la ville de Paris.
21 novembre : Le Premier ministre, Lionel Jospin annonce la décision de déployer le groupe aéronaval pour renforcer les moyens déjà présents sur zone : la frégate furtive Courbet et le pétrolier ravitailleur Var. Le 3 octobre, le conseil des ministres du gouvernement Jospin décide que le BCR Var et la frégate Courbet seront engagés dans une opération de coopération navale avec les forces américaines opérant dans l'océan Indien dans le cadre de l'opération Enduring Freedom. Ils participent à la sécurité et au ravitaillement des moyens navals américains dans le nord de l'océan Indien et restent sous contrôle opérationnel d'Alindien. Le 22 octobre le Courbet effectue sa première escorte (USS Ericsson). La frégate Nivose et l'aviso Commandant l'Herminier, présents sur zone, effectuent également des missions au profit des forces de la coalition engagées dans l'opération Enduring Freedom.
1er décembre 2001 au 20 juin 2002 : Mission Héraclès 1.
1er décembre : La task force 473 (2.900 hommes), placée sous commandement du contre-amiral François Cluzel, appareille le 1er décembre. Le groupe aéronaval (Gan) constitué autour du porte-avions français est composé de la frégate antiaérienne Jean-Bart (avec un Panther de la 36.F à bord), des frégates anti-sous-marines Jean de Vienne (avec un Lynx de la 34.F à bord) et La Motte-Picquet, du pétrolier-ravitailleur Meuse (avec un Lynx de la 34.F à bord) et du sous-marin nucléaire d'attaque Rubis. Le groupe aérien embarqué (GAE) compte deux Rafale (12.F), seize Super-Étendard (11.F/17.F), deux Hawkeye (4.F), deux Dauphin (35.F) et deux Puma de l'Alat (5e RHC de Pau). Le Gan, sous le contrôle opérationnel du chef d'état-major des Armées, est commandé par le contre-amiral François Cluzel.
3 décembre : Première opération chirurgicale à bord du Charles de Gaulle sous anesthésie générale.
8-11 décembre : Franchissement du Canal de Suez par le GAN.
14 décembre : La frégate ASM La Motte-Picquet relève le frégate de surveillance Courbet.
18 décembre : Arrivée de la TF 473 dans la zone d'opérations. La force navale française rejoint les groupes américains constitués autour des porte-avions Théodore Roosevelt et John C. Stennis et le groupe italien du Giuseppe Garibaldi.
18 décembre : Premier appontage d'un hélicoptère CH-46 Sea Knight de l'USS Theodore Roosevelt.
19 décembre : Début des premières missions de reconnaissance au-dessus de l'Afghanistan.
27 décembre : Le 3.000 appontage est réalisé par le LV Éric Aymard.

2002

8 janvier : Arrivée du PR Somme qui remplace le PR Meuse.
13 janvier : Reprise des vols au-dessus de l'Afghanistan.
18 janvier : Le CA Geminiani, commandant la TF italienne, arrive sur le Charles de Gaulle, où il est reçu par le CA Cluzel et le CV Laborde.
26 janvier : Le BAP (Bâtiment Atelier Polyvalent) Jules Verne rejoint la Task Force 473.
28 janvier : La frégate ASM De Grasse relève le Jean de Vienne.
1er février : Les cinq porte-aéronefs et leur escorte engagés dans Enduring Freedom se retrouvent le temps d'une photo. Il s'agit des deux porte-avions nucléaires de l'U.S.Navy USS Theodore Roosevelt et USS John C. Stennis ; les porte-aéronefs britannique et italien HMS Illustrious et Giuseppe Garibladi et bien sûr le porte-avions nucléaire français Charles de Gaulle.
8 février : Escale à Djibouti marquée par la venue à bord de l'animateur Arthur et la mère du QM1 Annabelle Briand.
14 février : Les Rafale M n° 8 et 4 arrivent en provenance directe d'Istres afin de compléter le parc de la flottille 12.F qui se porte désormais à cinq appareils. Il a fallu sept heures et dix minutes au CF Planchon et au LV Manuel Lyne pour rejoindre le Charles de Gaulle. Le trajet a été de l'ordre de 3.300 nautiques.
16 février : Appontage de C-2A Greyhound. Un C-2A Greyhound (No50) de la flottille VRC-40 "Rawhides". catapulté de l'USS Theodore Roosevelt effectue une série de présentations sur le Charles de Gaulle. Ces premières présentations constituent le début d'un processus destiné à permettre aux avions de ce type, en cas d'urgence, d'apponter et de se faire catapulter à partir du Charles de Gaulle pour effectuer du transport de personnel ou de matériel.
22 février : Premier appontage d'un hélicoptère CH-47D Chinook.
28 février et 14 mars : La présence simultanée du Charles de Gaulle et du USS John C. Stennis (CVN-74) en mer d'Arabie a donné lieu à la réalisation de "cross decks" d'E-2C de l'escadron américain VAW-112 "Golden Hawks" et de la flottille 4.F sur les deux porte-avions ainsi que d'un C-2A Greyhound (No36) appartenant à la flottille VRC-30 "Providers".
Ainsi, l'un des Hawkeye français a effectué le jeudi 14 mars plusieurs présentations sur le pont de l'USS John C. Stennis avant de conclure par un appontage parfait (brin 3 pinenho..pour les amateurs…) sous la houlette d'un officier d'appontage du CEIPM Landivisiau transféré à bord du porte-avions américain pour l'occasion. Un exercice identique s'était déroulé sur le Charles de Gaulle avec un Hawkeye américain le 28 février dernier. L'appontage à bord du Stennis s'inscrit dans la continuité des échanges d'aéronefs et d'équipages réalisés depuis l'arrivée de la TF 473 sur zone et démontrent la parfaite interopérabilité existant entre les porte-avions, les aéronefs et les équipages des deux marines. Ces échanges resserrent également les liens qui unissent les équipages engagés dans les opérations Héraclès et Enduring Freedom.
5 mars : La première bombe guidée laser BLU-111 a été lachée.
9 mars : Escale au large de Fujaïrah (Emirats Arabes Unis). 162 marins permissionnaires rentrent en France.
9 mars : Les Rafale M n° 5 et 7 arrivent à bord. La 12.F compte désormais sept Rafale à bord du Charles de Gaulle.
14 mars : Série de présentations de Rafale de la 12.F sur le John C. Stennis.
22 mars : Le chef d'état-major de la Marine, l'Amiral Battet est accueilli à bord.
23 mars : Quatre Super-Étendard de la 17.F partent en révision en France. Pour ne pas affaiblir le groupe aérien, quatre appareils de la 11.F sont arrivés en provenance de Landivisiau le 21 mars.
24-31 mars : Première escale à quai. Elle a lieu à Abu Dhabi.
1er avril : Retour sur la zone du détroit d'Ormuz.
23 avril : Le porte-avions quitte la zone des opérations est fait route vers la mer de Chine.
19-29 mai : Exercice franco-saoudien Red Shark. Les Rafale se battent contre les F-15C saoudiens. 
23 juin : Le Charles de Gaulle quitte la mer d'Arabie et rentre à Toulon.
27 juin : Franchissement du canal de Suez.
1er juillet : Le Président de la République, Jacques Chirac est reçu à bord du Charles de Gaulle. Le groupe aérien salue la TF 473 en effectuant un défilé aérien en formation croix de lorraine (quatre Rafale, un Hawkeye, neuf Super-Étendard). Le porte-avions Charles de Gaulle, le pétrolier-ravitailleur Somme, le bâtiment atelier polyvalent Jules Verne, la frégate antiaérienne Cassard, le sous-marin nucléaire d'attaque Saphir, la frégate anti-sous-marine La Motte-Picquet et la frégate furtive de surveillance La Fayette.
22 octobre : Un pilote allemand en échange à bord du Charles-de-Gaulle s'éjecte indemme de son Super-Étendard après son catapultage. En sortie de catapulte, l'avion a décroché car le pilote a tiré sur le manche avant que l'appareil ne sorte du rail de la catapulte.
30 octobre : Premier tir d'un missile Aster 15.

2003

4 février : Le navire appareille pour l'exercice Péan 2003 avec quatorze Super-Étendard (11.F/17.F), quatre Rafale (12.F), deux Hawkeye (4.F), deux hélicoptères Dauphin (35.F) et deux Puma de l'Armée de terre. Le groupe aéronaval est composé de la frégate anti-aérienne Cassard, la frégate anti-sous-marine La-Motte-Piquet, la frégate furtive Guépratte et du sous-marin nucléaire d'attaque (SNA) Saphir. Cette exercice OTAN a lieu au large de la Crète.
17-21 février : Escale à la base OTAN de La Sude (Souda Bay) en Crète avec les marines italienne et grecque.
25 février : Le navire rentre à Toulon à l'issue de trois semaines d'exercices en Méditerranée (Péan 2003). Il s'est notamment entraîné avec le porte-avions américain Harry-Truman, venu relever le George-Washington, en partance pour le Golfe arabo-persique.
5 mars : A 10h, le porte-avions nucléaire quitte son appontement de l'arsenal militaire de Toulon avec à son bord la vingtaine d'avions de son groupe aérien : Rafale, Super Etendard, Hawkeye et des hélicoptères. Il sera rapidement rejoint par son escorte traditionnelle, composée de frégates, d'un sous-marin nucléaire d'attaque et d'un pétrolier-ravitailleur.
16-17 mars : La balise TACAN est arrachée par des violentes rafales de vent de 150 km/h.
21-26 mars : Escale à la base OTAN de la Sude saturée par l'armada americano-britannique en route vers le Golfe Persique.
31 mars : Navigation avec la Jeanne d'Arc et la Force Navale Franco-Allemande.
15 avril : Retour à Toulon du GAN.
1er juillet : Le Charles de Gaulle entre au bassin Vauban à Toulon pour un entretien programmé.
1er août : Le CV Xavier Magne est reconnu comme nouveau commandant du navire.
décembre : Le bâtiment reprend la mer.

1er mars - 21 mai : Mission Agapanthe 04.
1er mars : Appareillage du groupe aéronaval composé des frégates antiaériennes Jean Bart (avec un Panther de la 36.F) et HMS Gloucester, de la frégate lance-missiles Duquesne, du sous-marin nucléaire Améthyste et du pétrolier Meuse (avec une Alouette III de la 35.F). Dans le cadre de la mission Agapanthe, la Task Force 473, commandée par le contre-amiral Jacques Mazars, est formée de trois groupes : Groupe Aéronaval, Groupe Amphibie et Groupe de Surface. Cette force rassemble 11 navires, 4.500 marins et une trentaine d'aéronefs.
2 mars : Les aéronefs arrivent à bord. Le Groupe Aérien comprend huit Rafale M (F1) de la flottille 12.F, dix Super-Étendard Modernisés des flottilles 11.F et 17.F, deux E-2C Hawkeye de la flottille 4.F (dont le n° 3 livré le 26 février à Lann-Bihoué), deux AS.365F Dauphin et une Alouette III de la flottille 35.F, un SA.330 Puma de l'ALAT (5e RHC de Pau) et deux SA.330 Puma Resco de l'Armée de l'air (1/67 Pyrénées).
10 mars : La Task Force arrive à Oman.
20 mars : Le Groupe aérien est engagé dans l'exercice Northwind 04 avec les Emirats Arabes Unis.
28-30 mars : Exercice avec le porte-avions américain USS Georges Washington, bâtiment amiral de la Task Force 50. Des ravitaillements en vol sur S-3 Viking, 18 sorties d'entraînement avec les F/A-18C/D et F-14A/D Tomcat sont réalisés.
31 mars : Escale à Abu Dhabi.
8-14 avril : Exercice avec la Marine indienne "Varuna 2004". Quatorze navires sont engagés et plus de trente aéronefs, dont huit Sea Harrier FRS.51 (escadrille 300), un Fokker 27 (garde-côtes) et un bombardier maritime à long rayon d'action Tupolev Tu-142M Bear F (escadrille 312). Les Rafale effectuent 30 sorties dont 24 Dact et six interceptions du Bear et du Fokker. Les SEM effectuent des largages de bombes réelles sur le champ de tir de Pigeon Island. Les Sea Harrier indiens se sont posés sur le pont du Charles de Gaulle.
14-19 avril : Escale à Goa.
22 avril au 2 mai : Mission Héraclès 2. Le Charles de Gaulle est mis à disposition de l'opération Enduring Freedom. 17 missions de reconnaissance (111 heures de vol) ont été effectués par les Super-Étendard au-dessus de l'Afghanistan, 19 missions d'alerte aérienne avancé (94 heures de vol) par les Hawkeye et 23 missions (32 heures de vol) d'accompagnement au profit des SEM par les Rafale M.
5-7 mai : Exercice d'interception avec les Mirage 2000 de l'Armée de l'air basée à Djibouti.
9-15 mai : Exercice Red Shark 2. Le groupe aérien est engagé aux côtés de l'Armée de l'air royale saoudienne. Les Rafale sont confrontés aux F-15C/S et Tornado GR.1/F.3.
11 mai : Le Charles de Gaulle enrégistre le 10.000e appontage à bord. Il s'agit du Super-Étendard de l’EV2 Cédric Bridiers.
21 mai : Le porte-avions arrive à Toulon.
6 juin : Participation aux commémorations du débarquement en Normandie.
7-10 juin : Escale à Portsmouth, marquant le centenaire de l'Entente cordiale.
14-17 juin : Escale au Havre. 4.500 gagnants d'un concours de la Marine visitent le navire.
18 juin : Commémoration au large de l'île de Sein de l'appel du Général de Gaulle.
15 août : Participation à la revue navale commémorant le 60e anniversaire du débarquement de Provence. 21 navires français et 8 étrangers y participent. En rade de Toulon, les navires saluent puis contournent le porte-avions au mouillage, avec à son bord les autorités françaises dont le président Jacques Chirac et les représentants des 22 pays ayant participé au débarquement du 15 août 1944.